本資料庫依調查成果，共記錄全部6個樣區樹木，包含34科64種樹種，為建立完整樹籍資料，分區給予樹種命名編號，安平古堡編號開頭為A，億載金城編號開頭為E，延平郡王祠編號開頭為Y，赤崁樓編號開頭為C，安平樹屋編號開頭為T，五妃廟編號開頭為F，各區平面樹種分布圖上之編號樹種可參照該區域之樹木樹籍資料表。
文化局建置數位化樹木管理資料庫，對樹木健康管理具有重要指標意義，透過點選各古蹟區樹木分布平面圖之樹木編號，連結各古蹟區列管之樹籍資料、樹木健康管理日誌（僅限後台管理人員登入）及樹種特色介紹，除完整記錄古蹟區樹木管理流程，有效提升樹木防疫與治療效益，並有助推廣古蹟區具代表性之重要樹木資訊及病蟲害防治觀念，建立友善之樹木生長環境。
